なお、開場直後、1階から4階に向かうエスカレータで事故が発生した。ASCII.jpの記者は、現場近くの建物外で取材準備中だったが、突然中で列車が頭上を通り過ぎるような轟音が聞こえ、「離れろ」と叫ぶ声が聞こえてきた。
異変を感じたため、会場内に入ると、エスカレータ周辺には警備員やスタッフが集まり、救護を行っていた。東京消防庁によるとこの事故で10人が負傷した。
なお、この事故を受けて主催者の海洋堂は、、ワンダーフェスティバル終了時の場内アナウンスで「2009年2月の次回ワンダーフェスティバルについて、開催日等も含めて再検討する」と発表した。